1967 Trabzon doğumlu olan Mustafa Aydın 1988’de Ankara Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesi (Mülkiye), Uluslararası İlişkiler bölümünden mezun oldu. İngiltere’de Lancaster Üniversitesi’nde Uluslararası İlişkiler ve Stratejik Araştırmalar alanında Yüksek Lisans (1991) ve Siyaset Bilimi ve Uluslararası İlişkiler alanında Doktora (1994) eğitimi yaptı.
1995–2005 arasında Ankara Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesi’nde öğretim üyeliği görevinde bulunan Aydın, 1999’da Doçent, 2005’de Profesör oldu.
31 Aralık 2009 tarihine kadar Ekonomi ve Teknoloji Üniversitesi (TOBB-ETÜ), Uluslararası İlişkiler Bölüm Başkanlığını görevini ve aynı üniversitesinin İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi ve Sosyal Bilimler Enstitüsü yönetim kurulları ile Üniversite Senatosu üyeliği görevlerini yürüttü.
Şubat 2010’da Kadir Has Üniversitesi Rektörü oldu.
Prof. Aydın, T.C. Genelkurmay Başkanlığı, Stratejik Araştırmalar ve Etütler Merkezi (SAREM) Planlama ve Değerlendirme Kurulu; Dışişleri Bakanlığı Stratejik Araştırmalar Merkezi (SAM) Danışma Kurulu ve World Council for Middle Eastern Studies (WOCMES) Yönetim Kurulu üyesidir. Uluslararası İlişkiler Konseyi (UİK) Yönetim Kurulu Başkanlığı, Uluslararası Politika Araştırmaları Enstitüsü (TEPAV-IPRI) Direktörlüğü ve International Commission on the Black Sea (BlackSeaCom) Koordinatörlüğü görevlerini de yürütmektedir.
Milli Güvenlik Akademisi Uluslararası Siyasi İlişkiler Modülü Koordinatörlüğü (2002-2008), Avrasya Stratejik Araştırmalar Merkezi (ASAM) Türkistan Masası Başkanlığı (1999-2003), International Caucasus-Caspian Commission Başkan Yardımcılığı (2007-2008) görevlerinde bulunan Prof Aydın, aynı zamanda Genelkurmay Başkanlığı Atatürk Araştırma ve Etütler Merkezi (ATAREM) Genel Kurulu (2000-2005), AÜ SBF Fakülte ve Yönetim Kurulları (2001-2004) ile Uluslararası Siyasi ve Ekonomik İlişkiler Araştırma Merkezi ve Stratejik Araştırmalar Merkezi kurul üyelikleri; DPT Ekonomik Dış İlişkiler İhtisas Komisyonu (2005), Cumhurbaşkanlığı, Ekonomi ve Dış Politika Çalışma Grubu (2003-2009), Çankaya İnsan Hakları İlçe Kurulu (2007-2009), Dünya Su Kongresi Danışma Kurulu (2008), NATO Manfred Wörner Fellowships Selection Committee (2004-2005), Türkiye İktisat Kongresi Bilim Kurulu (2004), TÜBA Sosyal Bilimler Öngörü Projesi Siyasal Bilimler Çalışma Grubu (2005-2006) ve T.C. Dışişleri Bakanlığı Üniversite Öğretim Elemanlarıyla İşbirliği Projesi Danışma Kurulu (1998-2000) üyeliği yaptı.
Çeşitli dönemlerde Bosna-Hersek, Kırgızistan, Filistin, Gürcistan ve Azerbaycan’da AGİT ve Dışişleri Bakanlıpı adına Seçim Gözlemciliği yapan Prof. Aydın, yıllar içerisinde Ankara (SBF, DTCF ve İF), Atina, Dokuz Eylül, Gazi, Bilkent, Atılım, Başkent ve Ekonomi ve Teknoloji üniversiteleri ile NATO Defence College, Milli Güvenlik Akademisi, Kara Harb Okulu ve George C. Marshall Center for European Security’de “Uluslararası Politika”, “Uluslararası İlişkiler Teorileri”, “Savunma ve Strateji Sorunları”, “Uluslararası Güvenlik Çalışmaları”, “Küreselleşme ve Uluslararası İlişkiler”, “Türk Dış Politikası”, “Uluslararası İlişkilerde Devrimci Hareketler”, “Siyasi Tarih” ve “Uluslararası Terörizm” üzerine dersler verdi. Yurt dışında Michigan (1998), Harvard (2002) ve Atina (2003) üniversiteleri ile Richardson Institute for Peace Studies (1999) ve EU Institute for Security Studies’de (2003) misafir araştırmacı ve öğretim üyesi olarak bulunan Prof. Aydın, halen International Studies Association (ISA), Uluslararası İlişkiler Konseyi (UİK), Türk Atlantik Konseyi, Türkiye Siyasi İlimler Derneği, Mülkiyeliler Birliği, European Society for Central Asian Studies (ESCAS), Regional Network of Strategic Studies Centers ve International Network on Regional Security üyesidir.
Daha önce Turkish Yearbook of International Relations, Review of International Affairs ve Ankara Papers dergilerinin editörlüklerini yapan ve halen Uluslararası İlişkiler (SSCI) Dergisi eş-editörlüğü ve Stratejik Araştırmalar Dergisi genel yayın yönetmenliğini yürüten Aydın, çok sayıda ulusal ve uluslararası derginin de yayın, danışma ve hakem kurulları üyesidir.
Akademik ilgi alanları Uluslararası İlişkiler Teorileri, Dış Politika Analizi, Güvenlik, Strateji ve Jeopolitik, Türkiye’nin Dış ve Güvenlik Politikaları ile Avrasya’da (Orta Asya, Kafkaslar, Karadeniz) Siyaset ve Güvenlik olan Prof. Dr. Mustafa Aydın’ın çok sayıda yayımlanmış ulusal ve uluslararası çalışması arasında şunlar vardır: 2000’li Yıllara Doğru Türkiye’nin Önde Gelen Sorunlarına Yaklaşımlar: Dış Politika (1998), Turkish Foreign Policy During the Gulf War (1998), Turkey at the Threshold of the 21st Century (der. 1998); Central Asia and the Caucasus; Conflict and Security in the Post-Soviet Space (1999); New Geopolitics of Central Asia and the Caucasus (2000); Barış Çalışmaları ve Çatışmaların Çözümü (2001); Turkey’s Gulf Policy Revisited (2002); Turkey’s Foreign Policy in the 21st Century (2003, T. Ismael’le der.); Escaping from the Security Dilemma in the Aegean (2004, K. Ifantis’le der.); Turkish-American Relations (2004, Ç. Erhan’la der.); Turkish Foreign Policy; Framework and Analysis (2005); Beş Deniz Havzasında Türkiye (2006, Ç. Erhan’la der.); International Security Today: Understanding Change and Debating Strategy (2006, Kostas Ifantis’le der.); Turkish Foreign and Security Policy; Its Environs in Eurasia and the Middle East (2006, Antonio Marquina’yla der.); Regional In/secuity: Redefining Threats and Responses (2007, Ç. Erhan ve S. Açıkmeşe’yle der.); Türkiye’nin Avrasya Macerası (2008, der.).
